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La stack Claude pour les sciences de la vie : 90+ connecteurs, MCP et skills
Quels connecteurs, MCP servers et skills peut-on réellement brancher sur Claude en sciences de la vie ? Cette cartographie recense plus de 90 briques — sources officielles Anthropic (jusqu'à la vague Claude Science de juin 2026), marketplace Claude Code, MCP communautaires et APIs publiques — classées par niveau d'intégration et par usage. Une boussole pour les équipes IT/Data et bioinfo qui veulent assembler un agent utile sans réinventer la connectique.
Comment lire cette cartographie
Chaque entrée est classée par niveau d'intégration (comment on la branche sur Claude) et par accès (gratuit / freemium / payant / sur demande) :
- N1 — Connecteur officiel dans Claude (claude.ai)
- N2 — Plugin ou skill officiel Claude Code (marketplace
anthropics/life-sciences)
- N3 — MCP server communautaire (maintenu par des tiers — awesome-mcp-servers, glama.ai)
- N4 — API publique ouverte (à encapsuler dans un MCP custom)
Certaines briques sont à la fois N1 et N2 (disponibles dans le chat et dans Claude Code).
⚡ À jour — juillet 2026. Trois vagues à distinguer : Claude for Life Sciences (annoncé le 20 oct. 2025), Claude for Healthcare (JPM26, 11 janv. 2026 — connecteurs payeurs/providers US : CMS, NPI, HealthEx, Apple Health…) et Claude Science (30 juin 2026), le workbench de recherche qui ajoute la couche design moléculaire (NVIDIA BioNeMo, Boltz-2). Le périmètre officiel évolue vite — recoupez avec les sources Anthropic avant toute intégration.
Nouveau (2026) — Design moléculaire & structure protéique
Avec Claude Science (30 juin 2026) et le NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit, des modèles biomoléculaires deviennent appelables directement depuis l'agent — la couche « dry lab » R&D qui manquait à la stack.
| Modèle / outil | Intégration | Usage | Statut |
|---|
| Boltz-2 | Officiel · Claude Science | Structure protéine-ligand + affinité de liaison | Nommé pour Claude Science |
| Evo 2 | Officiel · Claude Science | Modèle génomique fondation (ADN / protéine) | Nommé pour Claude Science |
| OpenFold3 | Officiel · Claude Science | Prédiction de structure (repliement) | Nommé pour Claude Science |
| NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit | Partenariat officiel | Expose des modèles biomoléculaires aux agents Claude | Partenaire officiel |
| RFdiffusion · ProteinMPNN · DiffDock · OpenFold2 · GenMol · MolMIM · MSA-Search | Via BioNeMo (générique) | Design de backbone / séquence, docking, génération de molécules | Dans le toolkit, non nommés pour Claude Science |
| EDEN (Basecamp Research) | Partenaire officiel · Claude Science | Design de peptides antibiotiques & vaccins | Partenaire — résultats précliniques |
⚠ À lire avec rigueur. Seuls Boltz-2, Evo 2 et OpenFold3 sont nommés explicitement pour Claude Science ; les autres modèles sont exposés par le BioNeMo Agent Toolkit (appelable par tout agent compatible) sans être cités nommément pour Claude Science. Les résultats EDEN (97 % d'activité in vitro, candidat EDEN-7 testé chez la souris) sont précliniques — aucune validation clinique à ce stade.
A — Littérature & synthèse de preuves
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| PubMed | N1, N2 | 40M+ articles biomédicaux | Gratuit |
| bioRxiv / medRxiv | N1, N2 | Preprints bio & médicaux | Gratuit |
| Consensus | N1, N2 | 200M+ articles, synthèse evidence-based | Freemium |
| Scite | N1 | Citations contextualisées | Freemium |
| Scholar Gateway | N1 | Citations académiques | Gratuit (login) |
| Wiley Scholar Gateway | N2 | Publications Wiley | Compte Wiley (contenu payant) |
| protocols.io | N1 | Protocoles de recherche | Gratuit |
| biomcp | N3 | PubMed + ClinicalTrials.gov + MyVariant.info unifiés | Gratuit |
| aria-mcp-server | N3 | PubMed (40M) + ClinicalTrials.gov (500K), sans clé | Gratuit |
| pubmed-search (pubspro) | N3 | PubMed simplifié pour agents | Gratuit |
| mcp-techTrend | N3 | arXiv + PubMed + GitHub + HuggingFace + openFDA Recalls | Gratuit |
| Europe PMC | N4 | 44M+ articles EU, full-text + open access | Gratuit |
| HAL | N4 | Archive ouverte de la recherche FR | Gratuit |
| Semantic Scholar | N4 | 200M+ articles, embeddings SPECTER | Gratuit (clé) |
| OpenAlex | N4 | Graphe de 250M+ publications | Gratuit |
| CORE | N4 | 400M+ références open access | Gratuit (clé) |
B — Drug discovery & biologie moléculaire
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| ChEMBL | N1, N2 | Base de bioactivités / molécules | Gratuit |
| Open Targets | N1 | Target ID (gène → maladie → médicament) | Gratuit |
| BioRender | N1, N2 | Illustrations scientifiques + icônes | Freemium |
| Synapse.org | N1, N2 | Data sharing collaboratif (Sage Bionetworks) | Gratuit (login) |
| Owkin | N1, N2 | Federated learning + Pathology Explorer (analyse de lames H&E) | Sur demande |
| 10x Genomics Cloud | N1, N2 | Single-cell, spatial omics | Compte 10x |
| SandboxAQ | N1 | Large Quantitative Models pour la découverte | Sur demande |
| Synthesize Bio | N1 | Génération d'expression génique virtuelle | Sur demande |
| ToolUniverse | N1 | 600+ outils scientifiques agrégés | Gratuit |
| ClinVar | N1 | Variants génétiques cliniques (officiel Claude Science) | Gratuit |
| GEO (Gene Expression Omnibus) | N1 | Données d'expression génique publiques | Gratuit |
| CELLxGENE (CellGuide) | N1 | Atlas de données single-cell | Gratuit |
| biothings-mcp | N3 | BioThings : gènes, variants, médicaments, taxonomie | Gratuit |
| gget-mcp | N3 | Toolkit bioinfo (wrappe gget) | Gratuit |
| opengenes-mcp | N3 | Base aging & longévité | Gratuit |
| synergy-age-mcp | N3 | Interactions génétiques de la longévité | Gratuit |
| uniprot-unipressed-mcp | N3 | Données protéiques UniProt via MCP | Gratuit |
| PubChem | N4 | 119M+ composés chimiques (NIH) | Gratuit |
| UniProt | N4 | 250M+ séquences protéiques | Gratuit |
| PDB (RCSB) | N4 | Protein Data Bank — structures 3D | Gratuit |
| Reactome | N4 | Pathways biologiques annotés | Gratuit |
| DisGeNET | N4 | Associations gènes ↔ maladies | Gratuit (clé) |
| STRING-db | N4 | Interactions protéine-protéine | Gratuit |
| Ensembl REST | N4 | Génomes annotés multi-espèces | Gratuit |
| NCBI Entrez | N4 | GenBank, dbSNP, OMIM… | Gratuit |
| gnomAD | N4 | Variants génomiques de population | Gratuit |
| Human Protein Atlas | N4 | Expression protéique organes / cellules | Gratuit |
C — Essais cliniques & développement
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| ClinicalTrials.gov | N1, N2 | 500K+ essais cliniques mondiaux | Gratuit |
| AdisInsight | N1, N2 | Pipeline + essais + deals + safety | Payant |
| Medidata | N1 | Software d'essais cliniques (CTMS, EDC) | Compte Medidata |
| clinical-trial-protocol-skill | N2 | Skill : génération de sections de protocole | Gratuit (Claude Code) † |
| EU CTIS (EMA) | N4 | Registre des essais cliniques UE (CTR 536/2014) | Gratuit |
| ANSM RIPH | N4 | Recherches impliquant la personne humaine (FR) | Gratuit (open data) |
| openFDA Drug | N4 | Drugs@FDA, étiquetage, rappels | Gratuit |
† clinical-trial-protocol-skill est en réalité publié dans le repo officiel anthropics/healthcare (skills cliniques — avec fhir-developer-skill et prior-auth-review-skill), distinct du marketplace anthropics/life-sciences.
D — Regulatory intelligence
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| Cortellis Regulatory | N1, N2 | Soumissions, approbations, intel régl. mondiale | Payant (Clarivate) |
| CMS Coverage Database | N1 | Couverture / remboursement US | Gratuit |
| ICD-10 Codes | N1 | Codes diagnostics CM/PCS | Gratuit |
| NPI Registry | N1 | Identifiants prescripteurs US | Gratuit |
| EMA EPAR | N4 | Décisions AMM UE (humain + vétérinaire) | Gratuit |
| openFDA Device | N4 | 510(k), PMA, De Novo, recalls | Gratuit |
| EUR-Lex | N4 | MDR 2017/745, IVDR 2017/746, AI Act, RGPD | Gratuit |
| INPI Data (FR) | N4 | Brevets, marques, dépôts FR | Gratuit |
| ANSM AMM (base CIS) | N4 | Médicaments autorisés FR | Gratuit (partiel) |
E — Pharmacovigilance & sécurité
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| openFDA FAERS | N4 | FDA Adverse Event Reporting (rapports US) | Gratuit |
| openFDA Recalls | N4 | Rappels médicaments & dispositifs | Gratuit |
À noter : EudraVigilance (EMA), VigiBase (OMS-Uppsala) et la BNPV (ANSM) n'ont pas d'API ouverte complète. Seuls des agrégats publics existent — adrreports.eu (EudraVigilance), l'API VigiAccess (statistiques VigiBase) et data.ansm (agrégats annuels FR). Les données individuelles complètes restent réservées aux industriels enregistrés et aux autorités.
F — Bioinformatique & skills code-exécutable
| Skill (Claude Code) | Intégration | Usage | Cible |
|---|
| single-cell-rna-qc | N2 | QC RNA-seq automatisé (best practices scverse) | Bioinfo NGS |
| nextflow-development | N2 | Pipelines nf-core : rnaseq, sarek (variant calling), atacseq | Bioinfo |
| scvi-tools | N2 | Deep learning single-cell (scVI, scANVI, totalVI) | Bioinfo avancé |
| instrument-data-to-allotrope | N2 | Conversion formats instruments → Allotrope (ASM) | Data engineer labo |
| scientific-problem-selection | N2 | Cadre de choix de problème (M. Fischbach, Cell 2024) | CSO / Head R&D |
Ces 5 skills sont publiés dans le repo officiel anthropics/life-sciences. Le marketplace héberge le registre ; le code des MCP servers partenaires est hébergé ailleurs.
G — IP & brevets scientifiques
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| Cortellis IP | N1 | Veille brevet pharma intégrée | Payant (Clarivate) |
| patent_mcp_server (riemannzeta) | N3 | USPTO : recherche + PTAB + litige | Gratuit |
| openpharma-org/patents-mcp | N3 | USPTO + Google Patents, orienté pharma | Gratuit |
| epo-ops-mcp / espacenet-mcp | N3 | Brevets UE via EPO OPS (Espacenet) | Gratuit (quota EPO) |
| SureChEMBL-MCP-Server | N3 | Structures chimiques dans les brevets (SureChEMBL) | Gratuit |
| INPI Data (FR) | N4 | Brevets FR en open data | Gratuit |
| EPO Espacenet (OPS API) | N4 | Brevets UE (Open Patent Services) | Gratuit (quota) |
| USPTO PatentsView | N4 | Brevets US enrichis + bulk download | Gratuit |
| WIPO PATENTSCOPE | N4 | Brevets internationaux (PCT) | Gratuit |
| Lens.org Patent | N4 | Recherche brevets globale | Freemium |
| Google Patents (BigQuery) | N4 | Dataset public BigQuery | Gratuit |
H — Ontologies, codes & standards
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| medical-terminologies-mcp | N3 | ICD-11, LOINC, RxNorm, MeSH, ATC, SNOMED CT unifiés | Gratuit |
| medical-mcp | N3 | Bases médicaments + interactions + guidelines | Gratuit |
| heor-agent-mcp | N3 | HEOR : 41 sources médicales + cost-effectiveness + HTA | Gratuit |
| MeSH (NCBI E-utilities) | N4 | Indexation médicale | Gratuit |
| ICD-10 / ICD-11 (OMS) | N4 | Classification internationale des maladies | Gratuit |
| LOINC | N4 | Codes des examens biologiques | Gratuit (registration) |
| SNOMED CT | N4 | Terminologie clinique standardisée | Licence / pays |
| HPO (Human Phenotype Ontology) | N4 | Phénotypes humains standardisés | Gratuit |
| GO (Gene Ontology, AmiGO) | N4 | Processus biologiques annotés | Gratuit |
I — Interopérabilité des données cliniques (EHR / FHIR / DICOM)
| Source | Intégration | Usage | Accès |
|---|
| HealthEx | N1 | Connexion de dossiers médicaux personnels (Claude for Healthcare) | Compte / partenaire |
| Apple Health / Android Health Connect | N1 | Données santé & wearables (patient-reported) | Gratuit |
| fhir-developer-skill | N2 | Skill : aide au développement d'intégrations FHIR (R4 / SMART) | Gratuit (Claude Code) |
| fhir-mcp-server (wso2) | N3 | FHIR APIs + authentification SMART-on-FHIR | Gratuit |
| fhir-mcp-server (momentum) | N3 | Historique patient en langage naturel via FHIR | Gratuit |
| dicom-hl7-mcp-server | N3 | DICOM + HL7v2 + FHIR (imagerie + EHR) | Gratuit |
| omop_mcp | N3 | Mapping terminologie clinique → OMOP CDM | Gratuit |
À savoir avant d'intégrer
- Trois produits distincts : Claude for Life Sciences (oct. 2025) et Claude Science (juin 2026, recherche/design moléculaire) relèvent des sciences de la vie ; Claude for Healthcare (janv. 2026) vise les payeurs/providers US (CMS, NPI, HealthEx, Apple Health). Ne pas les confondre — dates et périmètres différents.
- MCP communautaires (N3) : maintenus par des tiers (souvent un seul dev / une seule orga — Augmented-Nature, etc.), non listés dans le Connectors Directory officiel et non audités par Anthropic. Qualité, sécurité et pérennité variables — à auditer (et à isoler) avant tout usage sur données sensibles ou réglementées.
- Outils payants : Cortellis et Cortellis IP (Clarivate), AdisInsight, Medidata, 10x Genomics nécessitent un abonnement ou un compte — ce ne sont pas des sources ouvertes.
- Accès partiels : Wiley Scholar Gateway, SNOMED CT (licence selon pays), DisGeNET / Semantic Scholar / CORE (clé API) imposent des conditions.
- Conformité : brancher une source ne suffit pas. Données patients, PI, RGPD, GxP, AI Act — l'architecture (où passent les données, ce qui est tracé) doit être pensée avant le premier connecteur.